Το Αρχαιολογικό Μουσείο Ηρακλείου βραβεύτηκε με τιμητική διάκριση (EMYA European Museum of the Year Special Commendation) στον ετήσιο διαγωνισμό του ευρωπαϊκού οργανισμού European Museum Forum (EMF) που πραγματοποιήθηκε στο Ζάγκρεμπ της Κροατίας στο διάστημα 3-6 Μαΐου 2017.
Στο πλαίσιο του συγκεκριμένου διαγωνισμού επιβραβεύονται τα ευρωπαϊκά μουσεία που επιδεικνύουν υψηλό επαγγελματισμό και αριστεία στη βιωματική παρουσίαση των Συλλογών τους, αξιοποιώντας τις δυνατότητες της σύγχρονης τεχνολογίας. Επιβραβεύονται επίσης αυτά που διευρύνουν το κοινό τους μέσα από ποικίλες εξωστρεφείς δράσεις, οι οποίες προωθούν τα ευρωπαϊκά ιδεώδη και το γενικότερο όφελος της κοινωνίας.
Οι κριτές εκτίμησαν την κομβική σημασία του Αρχαιολογικού Μουσείου Ηρακλείου για την παρουσίαση της αρχαίας ιστορίας της Κρήτης μέσα από τη νέα μουσειολογική αφήγηση για τον Μινωΐκό πολιτισμό, η οποία διαμορφώθηκε στο πλαίσιο του έργου της Επανέκθεσης των Συλλογών, που ολοκληρώθηκε το 2015. Ιδιαίτερα επαίνεσαν τις πρωτοβουλίες του Μουσείου για τη διάχυση της ιστορικής γνώσης σε διαφορετικές κοινωνικές ομάδες μέσα από καινοτόμες δραστηριότητες. «Το Αρχαιολογικό Μουσείο Ηρακλείου», σημείωσαν, «εξελίχθηκε σε σπουδαία κοινωνική και πολιτισμική επένδυση για την Κρήτη, η οποία επηρεάζει την οικονομία και τον τουρισμό, ενθαρρύνοντας ταυτόχρονα την τοπική κοινωνία να εμπεδώσει μια θετική πρόσληψη της επιστήμης και της κουλτούρας» .
Το Αρχαιολογικό Μουσείο Ηρακλείου προτάθηκε επίσης από τους κριτές του EMF μαζί με δύο ακόμα ευρωπαϊκά Μουσεία για το βραβείο του Συμβουλίου της Ευρώπης, πρόταση που υπογραμμίζει την ευρωπαϊκή διάσταση του Μινωικού πολιτισμού ο οποίος αναδεικνύεται με μοναδικό τρόπο στις αίθουσες του Μουσείου.
